В период Великой Отечественной войны Ивановский энергетический институт всячески помогал местной промышленности перестроиться на работу в чрезвычайных военных условиях. Особенную роль в этом направлении сыграл преподаватель ИЭИ — доктор технических наук, профессор Георгий Кузьмич Филоненко. В институте он заведовал кафедрой производственной теплотехники. В первые дни после начала Великой Отечественной войны он обратился с призывом к научным работникам о совмещении работы в институте с работой на производстве. Об этом Совинформбюро сообщило 10 июля 1941 года.
Во время работы он усиленно работал в области перевода промышленных тепловых установок с дальнего привозного топлива (нефти и угля) на местное топливо (торф и дрова) и оказал этим большую помощь заводам. Благодаря работе Г. К. Филоненко на полноценную работу в новых условиях перестроились заводы НКВ №2, НКМП №743, Ивановский механический завод и завод «Ивторфмаш».
За упорный и добросовестный труд Г. К. Филоненко в мае 1943 года был награжден значком «Отличник социалистического соревнования Наркомэлектро», в декабре 1943 года – орденом «Трудового Красного Знамени», в 1946 году – медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг».